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現有的“個人所得稅管理系統”（以下簡稱管理系統）在各地普遍應用，包括稅務端和企業端；其中稅務端兩處以上收入模塊，在技術層面上加強了對個人兩處以上工資薪金收入的管理，本文結合個稅相關規定和管理系統說說兩處以上收入個人所得稅。
　　
　　首先簡單說一下管理系統兩處以上收入模塊的工作原理：當企業在企業端中輸入某員工基礎信息和扣繳稅款信息（全員全額扣繳個人所得稅報告表），此時多處稅務端管理系統以此員工身份證號關聯其扣繳稅款信息，因此當有兩個不同的企業在各自企業端輸入同一員工數據時，就會同時在兩個主管稅務機關稅務端反映該員工收入和扣稅信息。
　　
　　那么自然人兩處以上工資薪金個人所得稅有哪些相關規定，實務中應如何操作：
　　
　　一、誰來申報納稅：
　　
　　《個人所得稅法》第八條規定：個人在兩處以上取得工資、薪金所得和沒有扣繳義務人的，納稅義務人應當自行申報納稅。《個人所得稅法實施條例》第三十六條第二款規定：從中國境內二處或者二處以上取得工資、薪金所得的應當按照規定到主管稅務機關辦理納稅申報。
　　
　　二、如何計算稅款：
　　
　　《個人所得稅法實施條例》第三十九條規定：在中國境內二處或者二處以上取得稅法第二條第一項、第二項、第三項所得的，同項所得合并計算納稅；所述第一項是指工資薪金所得，第二項是指個體工商戶生產經營所得，第三項是指對企事業單位的承包經營所得；合并納稅是指納稅人在繳納個人所得稅時，同一項目兩處收入要合計，且只能減除一次費用扣除標準;第三十八條：自行申報的納稅義務人，在申報納稅時，其在中國境內已扣繳的稅款，準予按照規定從應納稅額中扣除。
　　
　　三、去哪交納稅款：
　　
　　《個人所得稅自行納稅申報辦法（試行）》國稅發〔2006〕162號第十一條第一款：有從兩處或者兩處以上取得工資、薪金所得的，選擇并固定向其中一處單位所在地主管稅務機關申報。
　　
　　四、如何履行申報：
　　
　　國稅發〔2006〕162號第二十一條：納稅人可以采取數據電文、郵寄等方式申報，也可以直接到主管稅務機關申報，或者采取符合主管稅務機關規定的其他方式申報。關于《發布個人所得稅申報表的公告》2013年21號:自然人納稅人取得兩處及兩處以上工資薪金所得，或者取得所得沒有扣繳義務人的，或者其他情形，須辦理自行納稅申報時，填報個人所得稅基礎信息表(B表)和《個人所得稅自行納稅申報表（A表）》；申報期限為取得所得的次月15日之內。
　　
　　基于以上規定和管理系統，為了方便理解我們舉例說明
　　
　　例：假如小李1月份在A公司每月取得工資6000元，初次在B公司取得工資2500元，2月份在A公司取得工資6000元，在B公司取得工資4000元；以上所得不包括個人負擔的三險一金。
　　
　　①：1月份管理系統顯示：
　　
　　小李在A公司扣繳的個人所得稅=（6000-3500）×10%-105=145；
　　
　　在B公司扣繳的個人所得稅=0（因沒有超過免征額3500）；
　　
　　實務中正確操作：
　　
　　小李應繳納個人所得稅=（6000+2500-3500）×20%-555=445；
　　
　　應自行補繳個人所得稅=445-145=300元；
　　
　　納稅地點：小李可選擇并固定到A企業或B企業所在地主管稅務機關申報納稅；
　　
　　申報表：以上所述“A表”和“B表”
　　
　　納稅期限：2月15號以前
　　
　　②：2月份管理系統顯示：
　　
　　小李在A公司扣繳的個人所得稅=（6000-3500）×10%-105=145；
　　
　　在B公司扣繳的個人所得稅=（4000-3500）×3%=15；
　　
　　實務中正確操作：
　　
　　小李應繳納個人所得稅=（6000+4000-3500）×20%-555=745；
　　
　　應自行補繳個人所得稅=745-145-15=585元；
　　
　　納稅地點：同上
　　
　　申報表：以上所述“A表”，此次無需再申報基礎信息“B表”
　　
　　納稅期限：3月15號以前
　　
　　隨著個人所得稅管理系統及相應的技術的跟進，稅務機關對兩處以上收入的主動發現日益加強，這意味著有意逃避或者無意漏繳稅款的涉稅風險也相應提高，建議自然人納稅人在日常中應注意以下幾點：
　　
　　一是與企業簽訂任職合同中約定離職后應立即刪除個人基礎信息，避免企業為了討方便套用個人信息進行扣繳申報，造成管理系統中稅務端兩處以上記錄；二是區分工資薪金所得與勞務報酬所得，二者大的區別是工資薪金存在任職受雇關系、簽訂勞動合同并交納基本社會保險、接受企業的日常管理，是被包含的共同主體；而勞務報酬不存在上述情況，是與企業分立并存的并列關系。三是《深化國稅、地稅征管體制改革方案》中提到建立促進誠信納稅機制，個人存在兩處以上收入時應及時自行申報納稅，否則影響納稅信用，從而影響消費、融資授信等。